{"id":6279,"date":"2020-03-31T16:06:57","date_gmt":"2020-03-31T14:06:57","guid":{"rendered":"https:\/\/blog.mr-int.ch\/?p=6279"},"modified":"2020-03-31T17:36:14","modified_gmt":"2020-03-31T15:36:14","slug":"analyses-en-question","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/blog.mr-int.ch\/?p=6279","title":{"rendered":"Analyses en question"},"content":{"rendered":"\r\n

Tr\u00e8s t\u00f4t une m\u00e9thode de d\u00e9tection a \u00e9t\u00e9 mise au point pour d\u00e9tecter la charge virale d\u2019une personne en virus SARS-CoV-2, cause de dizaines de milliers de morts pr\u00e9matur\u00e9es et de la paralysie socio-\u00e9conomique de presque l\u2019entier de l\u2019humanit\u00e9.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Cette m\u00e9thode rRT-PCR est fond\u00e9e sur le principe de la r\u00e9action en cha\u00eene par polym\u00e9rase (Polymerase Chain Reaction<\/em>) en temps r\u00e9el (r<\/em>) apr\u00e8s transcription inverse (Reverse Transcriptase<\/em>). En une premi\u00e8re \u00e9tape l\u2019\u00e9chantillon est trait\u00e9 par une enzyme Reverse Transcriptase<\/em> pour convertir l\u2019acide ribonucl\u00e9ique (ARN ou RNA) du virus en acide d\u00e9soxyribonucl\u00e9ique (ADN). Ensuite cet ADN est multipli\u00e9 par une r\u00e9action catalys\u00e9e par un primer<\/em> (ADN polym\u00e9rase recombinante) et r\u00e9v\u00e9l\u00e9 avec une substance fluorescente au cours de cycles successifs de temp\u00e9rature auquel est soumis l\u2019\u00e9chantillon. C\u2019est compliqu\u00e9 mais c\u2019est \u00e0 peu pr\u00e8s ainsi.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

La d\u00e9termination est quantitative, c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019au-del\u00e0 d\u2019un seuil de sensibilit\u00e9 il est possible de d\u00e9terminer le niveau de la charge virale de l\u2019\u00e9chantillon (\u00e0 ne pas confondre avec la charge virale de l\u2019individu dans son entier).<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Disposant des bons kits de r\u00e9actifs (transcriptase et primer<\/em>) fabriqu\u00e9s par des industries sp\u00e9cialis\u00e9es, ces analyses sont faites avec des machines de laboratoire standard mais n\u00e9cessitent des interventions manuelles et prennent du temps pour effectuer le nombre de cycles n\u00e9cessaire. La capacit\u00e9 journali\u00e8re d\u2019un laboratoire est donc limit\u00e9e, m\u00eame s\u2019il disposait en abondance des kits n\u00e9cessaires, ce qui n\u2019est actuellement pas le cas.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Pour que le test soit utile il faut qu\u2019il soit sensible, c\u2019est-\u00e0-dire que le signal obtenu soit suffisamment distinct d\u2019un bruit de fond pour attribuer un r\u00e9sultat positif. Cette sensibilit\u00e9 sera d\u00e9termin\u00e9e selon que l\u2019\u00e9chantillon pr\u00e9lev\u00e9 sera plus ou moins charg\u00e9 en virus.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Apr\u00e8s cette longue introduction, venons-en au cas qui nous int\u00e9resse.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Un groupe de chercheurs chinois vient de publier une Research Letter<\/em> dans le prestigieux JAMA (DOI\u00a0: 10.1001\/jama.2020.3786<\/a>) \u00e0 propos de ce test. 1070 \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 pris entre le 1er<\/sup> janvier et le 17 f\u00e9vrier chez 205 patients hospitalis\u00e9s assur\u00e9ment rendus malades par le SARS-CoV-2.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

\n\n\n\n\t\n\n\t\n\t\n\t
Pr\u00e9l\u00e8vement<\/th>Broncho-alv\u00e9olaire<\/th>Fibro-bronchoscopie<\/th>Expectoration<\/th>Nasal<\/th>Pharyng\u00e9<\/th>Selles<\/th>Sang<\/th>Urine<\/th>\n<\/tr>\n<\/thead>\n
Nombre d'\u00e9chantillons<\/td>15<\/td>13<\/td>104<\/td>8<\/td>398<\/td>153<\/td>307<\/td>72<\/td>\n<\/tr>\n
Positifs<\/td>14<\/td>6<\/td>75<\/td>5<\/td>126<\/td>44<\/td>3<\/td>0<\/td>\n<\/tr>\n
...donc faux n\u00e9gatifs<\/td>7%<\/td>54%<\/td>28%<\/td>38%<\/td>68%<\/td>71%<\/td>99%<\/td>100%<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

R\u00e9sultats de la d\u00e9tection des \u00e9chantillons cliniques par l’amplification en cha\u00eene de la transcriptase-polym\u00e9rase inverse en temps r\u00e9el<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n


Il est donc inutile de chercher le virus dans les selles, le sang ou l\u2019urine.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Il est par ailleurs alarmant de noter le taux tr\u00e8s \u00e9lev\u00e9 de faux n\u00e9gatifs pour les pr\u00e9l\u00e8vements les plus communs, en particulier le nasal qui est la m\u00e9thode la plus ais\u00e9e \u00e0 pratiquer en dehors d\u2019un cabinet m\u00e9dical et la moins d\u00e9sagr\u00e9able pour la personne test\u00e9e. Mais dans ce cas le nombre d\u2019\u00e9chantillon \u00e9tait trop petit pour oser en tirer des conclusions.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Il n\u2019est pas n\u00e9cessaire de critiquer la m\u00e9thode utilis\u00e9e dans cette courte \u00e9tude qu\u2019il faudra certainement r\u00e9p\u00e9ter. Cependant il faut noter que ce sont des patients en traitement qui furent test\u00e9s, donc ayant une charge virale suffisamment \u00e9lev\u00e9e pour les rendre clairement malades. Pour des porteurs du virus qui sont asymptomatiques il faut se demander si le taux de faux n\u00e9gatifs ne serait pas encore plus \u00e9lev\u00e9.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Partiel et critiquable mais \u00e9tant le seul publi\u00e9 \u00e0 ce jour, ce r\u00e9sultat soul\u00e8ve la question de l\u2019utilit\u00e9 du d\u00e9pistage, sachant aussi que les capacit\u00e9s de laboratoire sont tr\u00e8s modestes m\u00eame dans des pays tr\u00e8s d\u00e9velopp\u00e9s, de quelques centaines de tests par jour par million d\u2019habitants. D\u2019un point de vue clinique le test est inutile puisque l\u2019on ne sait pas [encore] traiter autrement que pour soulager les sympt\u00f4mes et pailler les d\u00e9faillances respiratoires. D\u2019un point de vue \u00e9pid\u00e9miologique il ne peut servir que tr\u00e8s partiellement et seulement sous des conditions comparables et en supposant que le taux de faux positifs soit proche de z\u00e9ro.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

Le\u00e7on \u00e0 tirer\u00a0: rien ne sert de s\u2019effarer ou de se scandaliser, on ne dispose pas d\u2019une connaissance transcendant les inconnues et il faut faire avec ce que l\u2019on a tout en cherchant activement \u00e0 l\u2019am\u00e9liorer. Rien ne sert non plus de gesticuler \u00e0 propos de chiffres si incertains et incomparables, sauf le d\u00e9compte des d\u00e9c\u00e8s, si tant est qu\u2019il soit honn\u00eate et complet.<\/p>\r\n\r\n\r\n\r\n

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